La fitodepurazione è ormai da trent'anni applicata al trattamento delle acque reflue in tutto il mondo, con ottimi risultati sia in termini di efficienza che di inserimento nel paesaggio naturale. Situato all'esterno della Riserva, consente il trattamento delle acque in ecceso derivanti da Incasate.
Tali sistemi riproducono in maniera più o meno ingegnerizzata ciò che accade in natura nelle zone umide naturali: grazie all'azione combinata di batteri e piante e tramite complesse reazioni chimico-fisiche e biologiche gli inquinanti contenuti nelle acque vengono degradati e metabolizzati fino a renderli compatibili allo scarico nei corpi idrici. Tutto questo avviene naturalmente, senza alcuna necessità di prodotti chimici, senza sottoprodotti da dover smaltire e senza alcun consumo energetico.
Le tecniche di fitodepurazione si possono distinguere in sistemi a flusso sommerso, dove l'acqua non viene mai in contatto con l'atmosfera e scorre attraverso un medium filtrante fatto di ghiaie e sabbie che fa da supporto allo sviluppo di piante acquatiche emergenti, e sistemi a flusso libero, più vicini come conformazione a stagni e zone umide, dove l'acqua scorre superficialmente e le piante acquatiche, di tipo emergente, sommerso e galleggiante, sono maggiormente diversificate in modo da ricreare un habitat ad elevata biodiversità che, oltre a favorire i processi depurativi, richiama molto specie animali e avifaunistiche.